สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดลำพูน (สตจ.ลพ.) จัดตั้งขึ้นตามประกาศคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน เรื่อง การแบ่งส่วนราชการและอำนาจหน้าที่ภายในของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. 2555 ประกาศ ณ วันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555 ประกอบคำสั่งสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน ที่ 130/2555 สั่ง ณ วันที่ 12 เมษายน 2555 เรื่อง แต่งตั้งข้าราชการให้ดำรงตำแหน่งตามโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในและการจัดอัตรากำลังของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. 2555 (ระดับ 2 – 9) โดย สตจ.ลพ. ได้รับความอนุเคราะห์จากจังหวัดลำพูน ในการใช้พื้นที่อาคารศาลาประชาคม ภายในศาลากลางจังหวัดลำพูน (หลังเก่า) เป็นที่ทำการสำนักงานตั้งแต่ปี พ.ศ. 2555 จนถึงปัจจุบัน